台南大學創立於1899年4月9日，創校時為“台灣總督府台南師範學校”，校長澤村勝支，校址在三山國王廟（今台南市西門路上），當時學生僅42名。 1903年時曾一度因經費不足停辦達15年之久。 1918年以“台灣總督府國語學校台南分校”之名於赤崁樓（今台南市民族路上）復校，翌年更名為“台灣總督府台南師範學校”，由隈本繁吉擔任校長、志保田鉎吉任分校主任。

1922年3月10日，遷入桶盤淺新校舍迄今。 1945年國民政府派張忠仁先生接收，更名為“台灣省立台南師範學校”，並同時創立台灣第一個童子軍組織。 1962年改制為“台灣省立台南師範專科學校”，1987年7月1日改制“台灣省立台南師範學院”，增設許多教育學系，與美國科羅拉多州北科羅拉多大學締為姊妹校，並簽訂教育合作計劃。 1991年7月1日改隸易名為“國立台南師範學院”，並增設研究所。 2004年8月1日再度改名為“國立台南大學”，不再隸屬師範體制，同時分設教育學院、人文學院、理工學院，分府城及榮譽教學中心兩校區，七股校區現正規劃中，總學生人數為4406位。