法鼓佛教學院是由聖嚴法師所創立的中華佛學研究所，於民國95年（2006年），依據“私立學校法”第九條修正︰允許設立單一宗教的“宗教研修學院”法源，向教育部申請成立。於民國96年（2007年）4月8日（佛誕節），舉行“成立揭牌暨首任校長就職典禮”，成為我國第一所納入高等教育體系的宗教研修學院，名為“法鼓佛教研修學院”。之後，依據教育部於民國96年（2007年）三月召開研訂“宗教研修學院設立辦法草案”會議決議：宗教研修學院及其係、所、學位學程，均應冠以該學院所屬宗教慣用之名稱，不硬性規定冠以“研修”之文字。因此，本校報請教育部自97學年度起（8月1日）核可，更名為“法鼓佛教學院”。

法鼓佛教學院前身為中華佛學研究所。台灣的單一宗教教育學位始終未能獲得教育部承認，中華佛學研究所二十多年來，一直在聯合宗教教育界向政府爭取宗教教育能納入國家體制，在台灣大學恆清法師與中華佛學研究所李志夫所長奔走之下，終於在2004年3月，立法院三讀通過修正“私立學校法”第九條。有別於以多元宗教學術研究為目的之宗教學院或系所，允許私立大學或宗教法人設立單一宗教的“宗教研修學院”，授予宗教學位，以培養神職人員及宗教人才，並且開放學生參加宗教儀式，以作為開設“修行”學分科目的依據。