1957年，天主教白冷會錫質平神父籌劃創校。

1958年，奉中華民國教育部准許成立董事會。由於該校係天主教（羅馬公教會）在臺灣東部所設立之職業學校，因此議定校名為臺東縣私立公東高級工業職業學校。

1960年，由瑞士建築師賈斯特斯·達辛登設計的公東教堂落成啟用；同年9月，奉當局准許立案登記，並設機工及傢具木工兩科。1969年，增設建築製圖科。1970年，增設機械製圖科。1984年，該校與香港柚木股份有限公司合作辦理木工科輪調式建教合作班。1987年，增設控制科。1988年，增設資訊科。1990年，增設室內空間設計科。1993年，與東區職業訓練中心合辦實用技能班，設有機械修護與組裝技術兩科。2015年，增設餐飲科，廢除機械加工科