臺灣光復後，依照我國學制，分設系、科，各學部改稱學院，並將文政學部劃分為文學院及法學院，再加上理、醫、工、農共為6個學院、設立22門學系。往後，院系隨師資、硬體設備與社會需求逐漸增加。民國49年試辦夜間部，56年開辦新制夜間部，76年成立管理學院，82年則成立公共衛生學院，86年成立電機學院（89年更名為電機資訊學院）。88年原法學院更名為社會科學院，所屬法律學系改制為法律學院，夜間部與推廣教育中心併編為進修推廣部，91年農學院易名為生物資源暨農學院，92年增設生命科學院。目前已有11個學院，54個學系，103個研究所，另設有人口與性別、凝態科學、生物技術、生物多樣性等4個校級研究中心，連同進修推廣部，學生總人數達到3萬3千餘人，大學部近1萬7千人，研究生1萬5千餘人，比例大約一比一，已成功轉型為研究型大學。

 

學院與學系

學院 學系

理學院 地理環境資源學系  心理學系  化學系  地質科學系  物理學系  大氣科學系  數學系 

文學院 戲劇學系  中國文學系  外國語文學系  日本語文學系  歷史學系  人類學系  哲學系  圖書資訊學系 

社會科學院 經濟學系  社會學系  社會工作學系  政治學系 

管理學院 會計學系  國際企業學系  財務金融學系  資訊管理學系  工商管理學系 

生命科學院 生命科學系  生化科技學系 

生物資源暨農學院 昆蟲學系  生物機電工程學系(原生物產業機電工程學系)  生物環境系統工程學系  農藝學系  動物科學技術學系  園藝暨景觀學系  植物病理與微生物學系  農業經濟學系  生物產業傳播暨發展學系  農業化學系  森林環境暨資源學系  獸醫學系 

電機資訊學院 電機工程學系  資訊工程學系 

工學院 機械工程學系  土木工程學系  化學工程學系  材料科學與工程學系  工程科學及海洋工程學系 

醫學院 醫學系  物理治療學系  職能治療學系  護理學系  醫學檢驗暨生物技術學系  醫學工程學系 

公共衛生學院 公共衛生學系 

藥學專業學院 藥學系 

牙醫專業學院 牙醫學系 

法律學院 法律學系 

國際體育運動事務學士學位學程