東吳大學的淵源可以追溯到監理會在蘇州和上海開辦的幾所學校。 1871年，美國基督教監理會（監理會於1939年與美以美會合併改名為衛理公會）在蘇州十全街設立存養書院，1879年遷至天賜莊，並改名博習書院（The Buffington Institute）。後併入上海中西書院（the Anglo-Chinese College，1882年創辦）。
東吳大學實際上是在蘇州的宮巷中西書院的基礎上發展而成的。 1895年，中國在甲午戰爭中慘敗，激發了年輕人學習西方知識的熱情。 1896年，蘇州監理會宮巷教堂牧師孫樂文（D.L.Anderson）為回應一群年輕的中國學者學習英語的要求，在蘇州開辦了宮巷中西書院（Kung Hang School），第一批學生有25人。到1898年11月，學生已超過100人。
創辦
1899年，監理會決定在蘇州開辦一所大學。 1900年12月該校董事會在上海組成，孫樂文被選舉為新大學的首任校長。新大學取名為東吳大學堂，當時成立文理，醫和神學三科，辛亥革命後改稱東吳大學。 1901年6月24日，在美國田納西州以“Central University in China”名稱註冊。
1901年3月，宮巷中西書院遷入天賜莊博習書院舊址，東吳大學堂正式開學，成為美國基督教在中國建立的早期教會大學之一。開辦之初，只設中學班，學生不足百人。到1905年開始招收12名大學生。該校西學課程大體仿效美國大學，國學則自作安排，分設有文理，醫和神學三科和附中數所（分別位於蘇州、上海和湖州）。
發展
1907年東吳大學首次授予畢業生學士學位（中國第一個文學士學位（沈伯甫））。
1908年東吳大學在美國田納西州註冊名稱改為“Soochow University”。
1909年東吳大學頒授三個醫學士學位，後未繼續（1912年醫科撤銷）。
1910年東吳大學增設神學科。
1911年3月，孫樂文去世，校董會選舉同一宗派的上海中西書院的校長葛賚恩（J.W.Cline）為東吳大學的新校長。這一任命也就使上海中西書院與東吳大學合併組成了東吳大學的文理科。當時大學生人數為50名左右。
1912年東吳大學頒授第一個神學學士學位（同年神學科撤銷）。
1915年東吳大學於上海崑山路中西書院原址設立法科，規定學生需在大學文理科學習兩年後才能投考。頒授第一個理學士學位。
1917年東吳大學頒授中國第一個碩士學位（徐景韓）。
1918年東吳大學頒授第一個法學士學位。
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