艾克斯-馬賽大學的歷史可追溯至1409年由普羅旺斯伯爵路易二世建立的艾克斯大學。 1968年“五月革命”後，法國公立大學體系改革，後分別發展成為以文學、藝術和人文科學為主的普羅旺斯大學（艾克斯-馬賽第一大學），以技術醫學、理工為主的地中海大學（艾克斯-馬賽第二大學）和以經濟管理、法律為核心的保羅-塞尚大學（艾克斯-馬賽第三大學）。三所大學自2007年起尋求合併，最終於2012年1月1日起協議生效，成立新的艾克斯-馬賽大學，有五個主要校區。現在是法國規模最大的大學，也是法語國家和地區最大的大學。擁有數百個研究和教學合作夥伴關係，包括與法國高等社會科學研究學院(EHESS)和國家科學研究中心（CNRS。 馬賽大學是許多學術組織的成員，包括歐洲大學協會（EUA）和地中海大學聯盟（UNIMED）。三校合併後，艾克斯-馬賽大學將成為薩科齊政府領導下建設“超級大學”計劃中的一員，每年獲得法國政府7.5億歐元的撥款，是法國公立大學體系裡獲得教育經費最多的大學。馬賽大學在藝術、文學、科學，法律，政治，商業，經濟等領域已經產生了許多著名的校友。迄今為止，教職員工中出現了五位諾貝爾獎獲得者，擁有兩位獲得普利策獎的獲獎者，四名塞薩爾獎獲得者，數位國家元首或政府首腦，議會議長，政府部長，大使和法蘭西共和國成員學院的成員。在最新的上海交大2015年世界大學排行榜中，艾克斯-馬賽大學排在第100位，在法國公立大學系統合排名第4位。