秋田大学设有教育文化学部（学校教育课程、地域科学课程、国际语言文化课程、人间环境课程）、医学部（医学科、保健学科）、工学资源学部（地球资源学科、环境应用化学科、材料工学科、情报工学科、机械工学科、电气电子工学科、土木环境工学科、生命化学科），大学院设有教育学研究科（硕士课程：学校教育专攻、教科教育专攻）、医学研究科（博士课程：构造机能系专攻、病理病态系专攻、社会医学系专攻、内科系专攻、外科系专攻）、工学资源学研究科（博士前期课程：地球资源学专攻、环境物质工学专攻、材料工学专攻、情报工学专攻、电气电子工学专攻、土木环境工学专攻、博士后期课程：资源学专攻、机能物质工学专攻、生产建设工学专攻、电气电子情报系统工学专攻）。