該校於87學年度正式獲得升格改制技術學院，並在改制滿三年及各項條件均符合改名科技大學後向中華民國教育部提出改名科技大學案，經過第一階段資料審查與第二階段實地訪視後，曾獲教育部通過於90學年度起改名為「國立屏東應用科技大學」；但此案於行政院「技職校院變更審議委員會」遭否決，並請學校籌備兩年後再提出改名。

學校於92學年度再次提出於93學年度正式改名為「國立屏東商業大學」，卻遭「技職校院變更審議委員會」以「優先考慮與鄰近學校整併升格改名」為由再度否決改名案。93學年度下學期曾接到教育部來文，希望在校務會議中通過國立屏東商業技術學院、國立屏東教育大學、國立屏東科技大學三校合併，於94學年度合併為「國立屏東大學」；但該案僅在國立屏東科技大學校務會議中獲通過，其他兩校均否決。

該校在追求國際化及為提昇教育品質，近年來積極從事業務流程之整合及優質化，2000年通過ISO9001國際品保認證，成為全國第一所通過ISO9001國際品保認證之國立學校，2002年再通過ISO9001－2000年版國際品保認證，辦學績效再度獲得肯定。該校為國內三間國立商業技職學府中，校地面積最大的學校，共有15.1公頃，而全校教職員生人數僅3500人左右，空間比也相當大，由於校園內種滿大大小小的花草樹木，因此有「公園學校」的美譽。

2014年8月1日，與國立屏東教育大學合併為國立屏東大學。原國立屏東商業技術學院之校區改稱「國立屏東大學屏商校區」